Clientes que deseen facturar una colegiatura y les indique que desee eliminar el IVA no es posible lo correcto es que agrege el siguiente impuesto
Tipo: Traslado
Impuesto: IVA
Tasa/Cuota: Exento
Valor: Exento
tiene que ser tal cual exento de lo contrario si le pone tasa 0.00 es incorrecto el impuesto y podría tener problemas con el timbrado del CFDI.
JC